沙眼衣原体仅侵入睑结膜及穹窿结膜上皮细胞，但引起的病理变化则达深部组织。潜伏期约为5~2日，通常侵犯双眼，病人有异物感、畏光、流泪，有很多黏液或黏液性分泌物。沙眼性炎症位于睑结膜，开始可见小的略带白色的圆点状改变，大小为0.2~2mm，称其为滤泡。